污水处理费收入在纳税环节的税收优惠政策如下：
（一）增值税
以前，对于各级政府或部门委托供水企业随自来水水费代收的污水处理费，税务机关将其纳入营业税的征税范围，同时规定营业税免征。后期改征增值税，并同时免征增值税。
2008年12月，国家税务总局下发了《关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》，该通知明确了免征污水处理劳务的增值税，并将增值税的免税范围进行了扩围，除随自来水代征的污水处理费可以免征增值税外，其他污水处理企业，只要排放标准达到了《城镇污水处理厂污染物排放标准》，均可以享受免征增值税。在享受免征增值税同时，随增值税征收的城建税、教育费附加费、地方教育附加费也予以减免。
2021年6月，国家税务总局对污水处理行业的税收政策进行了调整，下发了《关于印发资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录的通知》，取消了一直以来污水处理费免征增值税的优惠政策，从2021年7月1日开始，污水处理费先行全额征收增值税，后即征即退70%，企业实际向国家承担了30%的增值税额及全额随征附加税费。
享受免税条件：取得相关环保部门出具的检测报告，证明污水加工处理后水质符合（GB18918—2002）有关规定。

（二）企业所得税
1、公共污水处理项目享受企业所得税三免三减半政策
《企业所得税法》及其实施条规定，企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理项目等，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
享受优惠条件：污水处理必须是达到国家规定的排放标准，污水处理项目需单独核算，如果一个企业同时经营多个项目或多种业务的单位，需要不同批次在空间上相互独立、每一批次自身具备取得收入的功能、以每一批次为单位进行会计核算，单独计算所得，管理费用、财务费用、销售费用等期间费用需在各项目或各业务间按收入、职工人数、工资总额等比例合理进行分摊。
2、污水处理企业环保设备投资额抵减10%企业所得税额的政策
自2008年1月1日起，污水处理企业利用自有资金或者向金融机构贷款资金，购置并使用符合《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》规定的环保等专用设备的，按照购置金额的10%抵免企业所得税的应纳税额，并且可以在以后五个纳税年度结转抵免。利用财政拨款资金购置的专用设备投资额，不得享受抵免企业应纳所得税额。
在污水处理企业享受企业所得税税收优惠政策时，同时满足专用设备抵减和三免三减半政策的，可以叠加享受税收优惠政策。
在实际工作中，污水处理企业常用的污泥浓缩脱水一体机、紫外消毒灯、污泥干化机、膜生物反应器、重金属离子去除器、反渗透过滤器等环保设备均可以享受设备投资额抵税政策。企业在购置该类设备时，要与供应商签订相应的采购合同、开具发票，并在办理税收优惠备案时，提交该类设备的性能参数及实际运行过程中的性能参数的检测结果。如污泥浓缩脱水一体机在享受设备投资额抵税时，脱水后泥饼的含固率必须要大于或等于25%，可以委托具有检测资质的第三方政府部门的检测结果给税务机关，以达到享受条件。