出口货物退（免）税资格认定的程序一般分为申请、受理、审核、审批、发放五个阶段。
　　1、申请
　　出口企业按《中华人民共和国对外贸易法》和商务部《对外贸易经营者备案登记办法》的规定办理备案登记后，没有出口经营资格的生产企业委托出口自产货物（含视同自产产品），应分别在备案登记、代理出口协议签订之日起30日内持有关的证件、资料原件及复印件（见2.10.3所述），填写《出口货物退（免）税认定表》，到所在地县（市、区）国税局办税服务厅申请办理出口货物退（免）税认定手续，办理资格认定后出口的货物方可按规定办理出口货物退（免）税。
　　2、受理
　　受理是指税务机关对纳税人提供的各种证件、资料进行核对，符合要求的，受理认定申报。不符合要求的，及时通知纳税人限期改正。
　　办税服务厅文书受理岗对纳税人按规定提供的证件、资料进行初审。
　　（1）查验《税务登记证》（副本）是否有效。
　　（2）对下列资料进行核对
　　a、证件、资料是否齐全、合法、有效；
　　b、各种资料的复印件内容是否与原件相符，复印件是否注明“与原件相符”字样并由纳税人签章，核对后将原件返还纳税人；
　　c、《出口货物退（免）税认定表》填写是否完整、准确，填写内容与附送证件、资料相关内容是否一致，签字、印章是否齐全；
　　（3）纸质资料不齐全或者填写内容不符合规定的，应当场一次性告知纳税人补正或重新填报。
　　（4）符合受理条件的，制作回执交纳税人。
　　核对无误后，录入综合征管系统并将纳税人报送的所有资料转文书处理岗，文书处理岗在1个工作日内转税源管理科（所、分局）调查核实。
　　（5）核实。税源管理岗5个工作日内完成资格认定的调查核实。主要对纳税人经营场所、法人资格、生产规模以及《出口货物退（免）税认定表》的内容进行调查核实，并撰写调查报告。对符合认定条件的，报税源管理领导岗签批，并在1个工作日内，报县（市、区）局审核、审批。

　　3、审核
　　县（市、区）税政科综合管理岗在接到税源管理科（所、分局）报来的认定资料后，在3个工作日内，主要对纳税人的退税方式、申报方式、企业类型、审核配置、登记时限等项目进行确认并通过系统调阅以下资料实施审核：
　　（1）税务登记信息；
　　（2）增值税一般纳税人资格认定信息。
　　对符合认定条件的，在1个工作日内，经县（市、区）局科长岗复审签字后，报县（市、区）局领导审批岗签章审批。
　　4、审批
　　县（市、区）局领导审批岗在2个工作日内签署审批意见。综合管理岗在接到审批意见后，对经审批符合条件的，加盖公章（或业务专用章），将《出口货物退（免）税认定表》（1份）在1个工作日内传给文书处理岗。并将纸质资料按档案管理要求分户归档。
　　5、发放
　　办税服务厅文书受理岗在收到已审批的《出口货物退（免）税认定表》后，在1个工作日内通知纳税人领取。
　　已办理出口货物退（免）税资格认定的纳税人，其认定内容发生变化的，须自有关管理机关批准变更之日起30日内，持相关证件向主管税务机关申请办理出口货物退（免）税资格变更手续。办理出口货物退（免）税资格变更程序比照认定程序办理。