根据您的描述我们理解，母公司以自己的名义和国外公司合作，所有的事都是母公司办理的。但是这个项目实际上是子公司承担费用的，现在要把所有费用让子公司列支并税前扣除，那么按照独立交易的原则，相当于母公司将这个项目已经办理完成了，现在等于是卖给了子公司，只有这样才能合法合规的列支并税前扣除。并且母公司需要给外地子公司开具发票。但是这个价格不能异常偏低，如果是平价转让基本不会有企业所得税，但是增值税需要负担。这是最简单直接的方法。

　　还有一种是按照企业资产重组的方式，这种方式根据国家税务总局公告2011年第13号的规定是免征增值税的，企业所得税要按照《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)的规定来处理。这种方法比较麻烦，需要经过税务机关的审批，操作比较复杂。

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　　相关规定：

　　《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）

　　纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。

　　《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)

　　第二条本办法所称企业重组业务，是指《通知》第一条所规定的企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等各类重组。

　　第三条企业发生各类重组业务，其当事各方，按重组类型，分别指以下企业：

　　（一）债务重组中当事各方，指债务人及债权人。

　　（二）股权收购中当事各方，指收购方、转让方及被收购企业。

　　（三）资产收购中当事各方，指转让方、受让方。

　　（四）合并中当事各方，指合并企业、被合并企业及各方股东。

　　（五）分立中当事各方，指分立企业、被分立企业及各方股东。

　　第四条同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。

　　具体文件请参考原文，文件内容较多，比较复杂。