不少专家指出，按综合分类相结合方式实施个税改革后，在调节二次分配、个税实际征管等方面还存在三方面突出难题。

具体难题为：

①个税占比偏低难以发挥调节作用。孙钢等专家表示，目前个税占税收总比重过低，在发挥调节收入、解决分配不公方面的作用仍不突出。据介绍，2015年我国个税总额为8616亿元，占税收的比重只有6.3%。专家建议，个税改革要进一步完善二次分配的作用，通过税改促进社会消费和经济增长。

②大量现金交易难以纳入监管，税收征管能力仍存漏洞。专家表示，以个税为代表的所得税，由于需要掌握纳税人详细收入、开支等涉税信息，才能准确核算纳税所得，避免偷税漏税，这对税收征管能力要求更高。国家税务总局税收科学研究所所长李万甫表示，由于当前仍然存在大量现金交易等情况，因此个人收入和申报的精确确认还难以做到。此外，部门和区域间信息孤岛的问题，也使税务机关难以全面掌握实际的信息。

③高收入群体征管仍存漏洞。中山大学财税系教授林江表示，社会上有把个税认为是征收工资税的说法，主要是工薪阶层主要采用企业代扣代缴和税务部门核查的办法，但一些企业高管等高收入群体却可以把个人支出纳入企业成本，规避个税缴纳。李万甫也表示，高收入群体个税跑冒滴漏，需要完善政策，加快建设个人收入和财产信息系统，既要鼓励社会财富积累和勤劳致富，也要堵住偷税漏税的漏洞。

不少专家都表示，个税改革很难一步到位。中国财政科学研究院院长刘尚希说，个税改革社会敏感度高，改革关键要形成社会最大公约数，坚持“开门立法”，制定大多数人能接受的方案，从而提高公众对税法的遵从度。